El proyecto de Bioperl es una colección de módulos perl que facilitan el desarrollo de escrituras perl para aplicaciones bioinformatics. Como tal, esto no incluye preparado para usar programas en el sentido que muchos paquetes comerciales y los interfaces basados en la web libres hacen (p.ej. Entrez, SRS).

Por otra parte, el bioperl realmente proporciona módulos perl reutilizables que facilitan escribir escrituras perl para la manipulación de secuencia, teniendo acceso de bases de datos usando una variedad de formatos de datos y ejecución y analizando de los resultados de varios programas de biología moleculares incluso la Ráfaga, clustalw, TCoffee, genscan, ESTscan y HMMER. Por consiguiente, bioperl permite desarrollar escrituras que pueden analizar cantidades grandes de datos de secuencia de modos que son típicamente difíciles o imposibles con sistemas basados en la web.

A fin de aprovechar bioperl, el usuario necesita un entendimiento básico del lenguaje de programación perl incluso un entendimiento de como usar referencias perl, módulos, objetos y métodos. Si estos conceptos son desconocidos el usuario es remitido a cualquiera de varios libros introductorios o intermedios sobre perl.

A Weve le gustaron Lengua de S. Holzmers Perl Core, Prensa de Tecnología de Coriolis, por ejemplo. Este seminario no es querido para enseñar el fundamentals de perl a aquellos con poca o ninguna experiencia en la lengua perl. Por otra parte, el conocimiento avanzado de perl - por ejemplo, como escribir un módulo perl orientado al objeto - no se requiere para usar con éxito bioperl.

Bioperl es el software de la fuente abierto que todavía está bajo el desarrollo activo. Las ventajas del software de la fuente abierto son conocidas. Ellos incluyen la capacidad de examinar libremente y modificar el código fuente y la exención de honorarios de licenciamiento de software.

Sin embargo, ya que el software de la fuente abierto es típicamente desarrollado por un gran número de programadores de voluntario, el código que resulta a menudo no es tan claramente organizado y su interfaz de usuario no tan estandarizado como en un producto comercial maduro.

Además, en cualquier proyecto en el desarrollo activo, la documentación puede no mantenerse al corriente del desarrollo de nuevos rasgos. Por consiguiente la curva de aprendizaje para el software de la fuente de la fuente activamente desarrollado, abierto es a veces escarpada.

Whats Nuevo en Esta Liberación:

Los · Muchos bugfixes y realces fueron hechos, incluso el apoyo a analizar los últimos cambios de formato de texto de RÁFAGA de NCBI, PAML 3.15 apoyo, una Taxonomía (Especies:: Bio) revisión, una revisión de Mapa de:: bio:: bio SearchIO incremento de la tasa de producción, la introducción de Construir. El sistema de instalación de PL, y los apuros para un poco de memoria se escapan en el Árbol:: Bio.
· Esta versión requiere Perl 5.6.1 o más tarde.