:: bio PrimarySeqI es una definición de Interface Perl para:: bio PrimarySeq.

SINOPSIS

# :: bio PrimarySeqI es la clase de interface para secuencias.

# Si usted es un recién llegado a bioperl, usted debería
# comience con:: bio Seq la documentación. Esto
# la documentación es principalmente para reveladores que usan
# Bioperl.

# probar esto es un objeto de seq

$obj-> isa (":: bio PrimarySeqI") ||
El $obj-> tiro ("$obj no pone en práctica:: bio PrimarySeqI interface");

# accessors

$string = $obj-> seq ();
$substring = $obj-> subseq (12,50);
$display = $obj-> display_id (); # para visualización humana
$id = $obj-> primary_id (); # identificación única para este objeto,
# la realización definida
$unique_key = $obj-> accession_number ();
# identificación biológica única

# manipulación de objeto

eval {
$rev = $obj-> revcom ();
};
si ($) {
El $obj-> tiro (-clase =>:: bio Arraigan la Excepción::
- el texto => "no Podía invertir el complemento.".
"Probablemente no ADN. Exceptionn$ actual @n",
- valoran => $);
}

$trunc = $obj-> trunc (12,50);

# El $rev y el $trunc son:: bio PrimarySeqI objetos dóciles

Este objeto define una interface abstracta a la información de secuencia básica - para la mayor parte de usuarios del paquete la documentación (y métodos) en esta clase no es útil - esto es unos reveladores sólo clase que define que métodos tienen que ser implmented por otros objetos de Perl de obedecer a:: bio PrimarySeqI a la interface. Vaya "perldoc:: bio Seq" "o hombre:: bio Seq" para más información en la clase principal para secuencias.

PrimarySeq es un objeto sólo para la secuencia y su nombre (s), nada más. Seq es el objeto más grande completo de aspectos. Hay una realización perl pura de esto en:: bio PrimarySeq. Si usted sólo quiere usar:: bio PrimarySeq objetos, entonces por favor lea aquel módulo primero. Este módulo define la interface, y es de más interés para la gente que quiere envolver su propio Perl Objects/RDBs/FileSystems etc. del modo que ellos "son" objetos de secuencia bioperl, aunque esto no use Perl para almacenar la secuencia etc.

Esta interface define que bioperl consideres necesario para "ser" una secuencia, sin proporcionar una realización de esto. (Una realización es proporcionada en:: bio PrimarySeq). Si usted quiere proporcionar:: bio PrimarySeq objeto dócil que de hecho envuelve otra experiencia de object/database/out-of-perl, entonces esto es la cosa correcta de abrigarse, generalmente proporcionando una clase de envoltura que iba inheriet de su objeto y este:: bio PrimarySeqI interface. La clase de envoltura entonces tendría listas de métodos en "la Realización Funciones Específicas" que proporcionarían estos métodos a su objeto.

El proyecto de Shizzle es una X-sesión demonio basado que las ejecuciones en segundo plano y supervisan la actividad de D-ducto. Cuando un D-ducto la aplicación capaz es comenzada, Shizzle activará los enchufes de unión cargados (que son módulos de Pitón o aplicaciones) qué matche la aplicación comenzó.

Los enchufes de unión son diseñados para habilitar a vario D-ducto aplicaciones conscientes para relacionarse el uno con el otro, creando nuevas funcionalidades y posibilidades para la experiencia de usuario de escritorio realzada. Por ejemplo, un enchufe de unión podría permitir que un jugador de medios se relacionara con chat y software IM.